功能性消化不良容易与胃食管反流病、慢性胃炎、消化性溃疡、胃癌、胆道疾病等疾病混淆。功能性消化不良属于功能性胃肠病，主要表现为上腹部不适或疼痛，但无器质性病变，需通过详细检查与其他疾病鉴别。
1、胃食管反流病
胃食管反流病与功能性消化不良均可出现上腹部灼热感、反酸等症状，但胃食管反流病以反流和烧心为典型表现，可能伴随胸骨后疼痛。胃镜检查可见食管黏膜损伤，24小时食管pH监测可明确诊断。功能性消化不良无食管黏膜损伤，症状多与进食相关。
2、慢性胃炎
慢性胃炎患者常有上腹隐痛、饱胀感，与功能性消化不良症状相似。但慢性胃炎胃镜下可见胃黏膜充血、水肿或糜烂，幽门螺杆菌检测常为阳性。功能性消化不良胃黏膜多无异常，症状与精神心理因素关系更密切。
3、消化性溃疡
消化性溃疡表现为规律性上腹痛，十二指肠溃疡多为空腹痛，胃溃疡多为餐后痛。胃镜检查可直接观察到溃疡病灶，与功能性消化不良的弥漫性不适不同。消化性溃疡可能并发出血、穿孔，需及时治疗。
4、胃癌
早期胃癌症状与功能性消化不良相似，但随病情进展会出现消瘦、贫血、呕血等报警症状。胃镜检查及活检可明确诊断。年龄超过40岁新发消化不良症状者需警惕胃癌可能，应及时就医排查。
5、胆道疾病
胆石症、胆囊炎等胆道疾病可引起右上腹痛，向肩背部放射，与功能性消化不良的上腹不适不同。超声检查可见胆囊结石或胆囊壁增厚，肝功能检查可能有异常。胆道疾病疼痛常因油腻饮食诱发，症状更剧烈。
功能性消化不良患者应注意规律饮食，避免辛辣刺激食物，少食多餐，进食后适当活动有助于消化。保持良好心态，减少焦虑情绪对胃肠功能的影响。若症状持续不缓解或出现体重下降、呕血、黑便等报警症状，应及时就医完善胃镜、超声等检查，排除器质性疾病。日常生活中可尝试温和运动、腹部按摩等方式改善消化功能。
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