一般情况下，自身免疫性脑炎的危害有导致睡眠障碍、影响精神状态、智力减退、导致癫痫发作、导致肝肾功能损伤等。具体分析如下：
1.导致睡眠障碍：自身免疫性脑炎有可能会导致睡眠障碍，这也是其比较常见的危害之一。一旦患上自身免疫性脑炎，病人的正常睡眠会受到很大的影响，经常都是白天过度睡眠，而晚上变得清醒无比，有时还会有快速动眼睡眠期行为异常的现象。
2.影响精神状态：自身免疫性脑炎还会影响病人的精神状态，导致精神行为异常。病人总是会感到非常的焦虑和紧张，行为也会发生异常，动不动就会胡言乱语，情况严重者还会有被害妄想和幻觉，看起来有些像精神分裂症。
3.智力减退：自身免疫性脑炎实际上就是自身的抗体对大脑进行性攻击，从而使脑组织出现了不可逆的损伤，一旦侵犯到大脑皮层，将会影响到患者的智力，导致智力减退，记忆力会明显下降，甚至还会出现痴呆现象。
4.导致癫痫发作：自身免疫性脑炎的危害之一就是导致癫痫发作，通常来说都是急性癫痫发作，主要的表现就是一侧的身体抽动，通过应用免疫抑制剂和免疫调节剂治疗之后，症状会得到控制。不过有些患者的病情相对来说比较严重，会遗留慢性癫痫，这种情况下就得根据癫痫的治疗原则来进行治疗。
5.导致肝肾功能损伤：自身免疫性脑炎是由于自身免疫功能异常所致，这种疾病除了会对脑组织造成损害之外，还有可能会合并全身自身免疫性疾病，从而导致肝肾功能损伤，严重了还会引发肿瘤。
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